Расшифрован геном шпорцевой лягушки

Международная группа биологов расшифровала геном шпорцевой лягушки Xenopus tropicalis, содержащий более 20 000 кодирующих протеины генов.

Род Xenopus включает в себя более 20 видов лягушек, которые заселяют южную часть Африки. Наиболее известен вид X. laevis (обыкновенная шпорцевая лягушка), используемый в качестве модельного организма в биологии развития. Выбирая объект секвенирования, учёные, однако, отдали предпочтение X. tropicalis, поскольку его геном меньше: у этого вида имеется по две копии каждого гена на 10 парах хромосом, а у X. laevis большинство генов на 18 парах хромосом представлены в четырёх копиях.

Работы по расшифровке генома были начаты в 2002 году. Черновой вариант появился через три года, а результаты предварительного анализа собранных данных опубликованы только сейчас.

Геном X. tropicalis содержит более 1,7 млрд оснований. Авторам уже удалось идентифицировать как минимум 1 700 генов, соответствующих генам человека, которые связаны с различными заболеваниями (сахарным диабетом 2-го типа, острым миелоидным лейкозом, алкоголизмом, врождённой мышечной дистрофией и другими). Учёные также отметили высокую степень сходства некоторых обширных (длиной, к примеру, в 150 млн оснований) областей геномов людей, лягушек и кур. «Изучая эти сегменты, мы переносимся на 360 млн лет назад — в те времена, когда по Земле ходил общий предок птиц, лягушек, динозавров и млекопитающих», — отмечает участник исследования Уффе Хеллстен (Uffe Hellsten) из Объединённого геномного института (США).

Учёных удивило то, что мобильные генетические элементы, транспозоны, составляют целую треть генома X. tropicalis. При этом неожиданно большая часть — три четверти — всего объёма транспозонов отдана ДНК-транспозонам.

Расшифровка данных по X. tropicalis, по словам авторов, заметно упрощает исследование генома X. laevis. Использование более эффективных методик позволит снизить стоимость работ, которые планируется начать в ближайшее время, примерно до одного миллиона долларов. На X. tropicalis же учёные потратили в 20 раз больше.

Уффе Хеллстен и Ричард Харланд (Richard Harland) из Калифорнийского университета в Беркли обсуждают результаты исследования:



Подготовлено по материалам: science.compulenta.ru